Высшим органом Федерации профсоюзов Узбекистана является Курултай Федерации, который проводится один раз в пять лет. Курултай созывается по решению Совета Федерации. О его созыве, норме представительства и повестке дня объявляется не позднее, чем за три месяца до открытия Курултая.

Внеочередной Курултай Федерации созывается Советом Федерации или по требованию не менее одной трети членских организаций Федерации. Решение Совета Федерации о созыве внеочередного Курултая и норме представительства, повестке дня объявляется не менее чем за месяц до его открытия.

Курултай считается правомочным, если на нем представлено не менее двух третей членских организаций и присутствует не менее двух третей избранных делегатов.

Решения Курултая считаются принятыми, если за них проголосовало более половины делегатов, принимающих участие в работе Курултая, при наличии кворума, если иное не предусмотрено Уставом Федерации профсоюзов Узбекистана. Порядок голосования при принятии решений Курултая определяется его делегатами.

Решения Курултая принимаются в форме постановлений и резолюций.

В компетенцию Курултая входит:

— принятие решения о реорганизации, ликвидации и прекращении деятельности Федерации;

— принятие Устава и Программы действий, а также внесение в них изменений и дополнений;

— заслушивание отчетов о деятельности Совета Федерации и Контрольно-ревизионной комиссии Федерации;

— избрание председателя Федерации, Контрольно-ревизионной комиссии, а также членов Совета Федерации, подтверждение полномочий членов Совета Федерации, избранных членскими организациями по принципу прямого представительства, в соответствии с установленной квотой;

— выборы Контрольно-ревизионной комиссии Федерации, определение ее полномочий и утверждение отчетов;

— принятие постановлений, резолюций, заявлений, обращений по важнейшим вопросам профсоюзного движения Республики;

— рассмотрение аппеляции членских организаций.

Курултай может делегировать отдельные полномочия Совету Федерации, Президиуму, председателю Федерации.