В 1990 году профессиональными союзами республики была принята Декларация о создании Федерации профсоюзов Узбекистана, организационное оформление которой было завершено в 1991 году принятием её Устава.

В настоящее время в Федерацию профсоюзов Узбекистана входят 14 отраслевых профсоюзов, Каракалпакское республиканское, Ташкентское городское, 12 областных объединений  профсоюзных организаций, насчитывающие в своих рядах более 6,1 млн. чел.

Высшим органом Федерации профсоюзов Узбекистана является Курултай, который созывается один раз в 5 лет. Между Курултаями деятельностью Федерации руководит Совет Федерации профсоюзов Узбекистана. Члены Совета избираются на курултаях отраслевых профсоюзов, конференциях территориальнқх объединений профсоюзных организаций, а также на курултае Федерации.

С первых дней независимости Узбекистана, в новых условиях политической, социальной и экономической жизни республики, особое внимание было уделено развитию негосударственных некоммерческих организаций.  Одним из первых Законов, принятых после приобретения независимости, был Закон «0 профессиональных союзах, правах и гарантиях их деятельности», которым определен юридический статус этой самой массовой общественной организации в стране.

Коренным образом изменились и направления деятельности профсоюзных организаций в соответствии с программными документами, принимаемыми Курултаями Федерации.

Федерация профсоюзов Узбекистана участвует на экспертном уровне в разработке проектов законов и нормативно-правовых актов, касающихся социально-трудовой сферы, соблюдения прав трудящихся и профсоюзов.

В рамках реализации Концепции дальнейшего углубления демократических реформ и формирования гражданского общества, профсоюзы приняли непосредственное участие в подготовке и принятии Закона Республики Узбекистан «О социальном партнерстве», внесены соответствующие предложения по проектам Закона «Об общественном контроле», Закона «Об охране труда» в новой редакции  и др.

Одной из наиболее важных функций Федерации профсоюзов Узбекистана стала усиление социального партнерства, участие в работе Республиканской трехсторонней комиссии по социальному партнерству и регулированию социально-экономических и трудовых отношений.

В этом большую роль сыграло подписание Генерального соглашения между Кабинетом Министров Республики Узбекистан, Советом Федерации профсоюзов Узбекистана, Торгово-промышленной палатой Республики Узбекистан по социально-экономическим вопросам. В настоящее время действует Генеральное соглашение, заключенное на 2014-2016 годы.

В соответствии с Генеральным соглашением пересмотрены отраслевые и территориальные соглашения, внесены в них дополнительные льготы по защите интересов трудящихся.

В настоящее время в республике заключены 91 отраслевых, 14 территориальных соглашений.  Более чем 111 тысячами коллективными договорами, действующими непосредственно на предприятиях, в организациях и учреждениях, регулируются вопросы предоставления работникам основных удлиненных и дополнительных отпусков, выплаты различных доплат, надбавок и компенсаций, обеспечения занятости женщин и молодёжи, создания им надлежащих и безопасных условий труда, предоставления  дополнительных льгот для них, соблюдения Конвенций МОТ, ратифицированных Республикой Узбекистан.

Стало традиционным проведение на районном, областном и республиканском уровнях ежегодных круглых столов на тему: «Актуальные вопросы в сфере труда», проводимых с участием представителей заинтересованных министерств, ведомств, других институтов гражданского общества. На этих круглых столах рассматриваются и оперативно решаются проблемы, высказанные трудящимися в ходе обсуждения выполнения коллективных договоров по итогам года.

В системе Федерации профсоюзов созданы 30  «Телефонов доверия», что дает возможность более эффективно и оперативно рассмотреть обращения трудящихся, более 60 процентов которых составляют вопросы трудовых отношений. По всем обращениям даются консультации, принимаются конкретные меры.

В целях усиления со стороны профсоюзов социально-экономической защиты молодёжи, обучающихся в высших и средне-специальных образовательных учреждениях, работающих на предприятиях, в организациях, а также женщин, обеспечения системной работы с ними при Совете Федерации профсоюзов созданы Молодёжный и Женский Советы.

Проводится целенаправленная работа по содействию обеспечения занятости населения, в рамках которой профсоюзы принимают участие в изучении подлинность создания новых рабочих мест.  Разработан и осуществляется комплекс мер по участию профсоюзов в обеспечении занятости населения и трудоустройстве выпускников профессиональных колледжей.

Профсоюзами особое внимание уделяется легализации трудовых отношений в неформальном секторе, для чего  разработаны и доведены до мест рекомендации Федерации профсоюзов по организации информационно-разъяснительной работы в рамках содействия уменьшению неформальной занятости.

Осуществляются конкретные меры по привлечению в профсоюзы работников негосударственного сектора. Только в 1- полугодии 2015 года привлечены в профсоюзы около 20 тысяч субъектов малого бизнеса, тем самым обеспечена социальная защита свыше 71 тысяч работников данной сферы.

В вопросах охраны труда основное внимание уделяется профилактике несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний. В целях совершенствования работ в этом направлении, по инициативе Федерации профсоюзов, совместно с Министерством труда и социальной защиты населения, Торгово-промышленной палатой, разработана и утверждена «Программа действий по улучшению условий и охраны труда на 2015-2016 годы».

Создана Межведомственная рабочая группа, деятельность которой направлена на активное участие в разработке нормативных актов в области охраны труда, инвентаризацию и изучение законодательства, международных стандартов в этой области, подготовку предложений по внесению изменений и дополнений в соответствующие нормативно-правовые акты  в сфере охраны труда.

В целях обеспечения своевременного принятия мер   по устранению причин   и предупреждению несчастных случаев, утверждены методические рекомендации по участию профсоюзов в работе специальных комиссий по расследованию несчастных случаев на производстве, также «Порядок информирования в системе Федерации профсоюзов о несчастных случаях» и «Порядок определения представительства профсоюзов в расследовании несчастных случаев».

В целях повышения статуса первичных организаций, содействия их деятельности по эффективной защите социально-экономических интересов работников,  раз в два года проводится конкурс «Самая образцовая первичная организация». На  районных и областных этапах конкурса в 2015 году приняли участие свыше 19 тысяч первичных организаций. Принята и осуществляется Программа совершенствования деятельности первичных профсоюзных организаций.

Федерация профсоюзов и её членские организации в рамках своих полномочий предпринимают практические меры, направленные на содействие самореализации и поддержку молодых специалистов, в рамках которых ежегодно проводится республиканский конкурс «Самый активный молодой специалист года».

С целью широкого информирования населения о деятельности профсоюзов постоянно совершенствуются официальный Портал Совета Федерации, веб-сайты членских организаций. В официальном веб-портале Совета Федерации внедрены  интерактивные услуги, создана возможность обращения граждан в он-лайн режиме.

Налажено конструктивное сотрудничество с национальной телекомпанией Узбекистана, редакциями республиканских печатных средств массовой информации, в которых регулярно освещается деятельность профсоюзных организаций по защите социально-экономических интересов трудящихся.

Федерация профсоюзов Узбекистана активно сотрудничает с Международной организацией труда (МОТ), Международной конфедерацией профсоюзов, а также с профцентрами зарубежных стран.